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Soutenance de thèse de Julia Soewarto

 Melaleuca quinquenervia-Fort Mandjelia 2-1

Soutenance de la thèse " Maladie fongique et profils de vulnérabilité : le cas de la rouille des Myrtaceae (Austropuccinia psidii) en Nouvelle-Calédonie "

 

Par Julia SOEWARTO, pour obtenir le grade de Docteur,

Cg9VRXnWgAIoO82

Jeudi 7 décembre 2017 à 14h30 à l'UNC, Amphithéatre 400 (ouvert au public)

Directeur de thèse : Laurent MAGGIA (CIRAD/AGAP-IAC)
Encadrant : Fabian CARRICONDE (IAC)

Délivré par l'Université de la Nouvelle-Calédonie, Ecole Doctorale du Pacifique

Résumé : 

Les espèces exotiques envahissantes et les maladies infectieuses représentent un problème croissant au niveau mondial et constituent l'une des principales menaces pour la biodiversité. La Nouvelle- Calédonie, archipel situé dans le sud-ouest du Pacifique, est reconnue comme l'un des principaux points chauds de la biodiversité. Sa flore vasculaire native illustre cette singularité biologique remarquable, avec 3250 espèces dont plus de 74% sont endémiques. Dans ce contexte, la gestion et la préservation de cette biodiversité est une question prioritaire.
Austropuccinia psidii est un champignon, considéré comme l’une des principales menaces environnementales pour les plantes appartenant à la famille des Myrtaceae à l’échelle mondiale. Communément connu sous le nom de "rouille des Myrtaceae", ce pathogène a été observé en Nouvelle-Calédonie en 2013. L’établissement de ce phytopathogène exotique est préoccupant compte tenu de l’importance environnementale occupée par les Myrtaceae dans les écosystèmes de l’archipel. L’objectif appliqué de cette thèse est de mettre en place une stratégie de lutte permettant à la fois de contrôler l’expansion du pathogène en milieu naturel, et dans pépinières productrices de Myrtaceae. Dans une première partie, nous allons mettre en évidence l’importance de l’impact d’A. psidii en termes d’étendue géographie, de gamme hôte et de sévérité des symptômes induits. Ces informations sont primordiales pour cibler spécifiquement les priorités de conservations des espèces et préservation des milieux les plus touchés. Les résultats montrent qu’A. psidii impacte un large panel d’espèces de Myrtaceae sur le territoire. Les variations dans la sévérité des symptômes exprimés entre individus d’une même espèce suggèrent la possibilité d’engager une lutte intégrée axée sur la sélection de caractères liés à la résistance à cette maladie. Dans une seconde partie, nous tenterons d’identifier des marqueurs génétiques permettant de discriminer les individus en fonction du phénotype de résistance qu’ils expriment face à l’infection causée par la rouille. C’est ainsi que via une approche RNA-Seq, combinant à la fois une analyse de différentiel d’expression des gènes et la recherche de variants nucléotidiques directement positionnés sur des parties codantes des génomes de plantes concernées, nous sommes parvenus à identifier des gènes candidats discriminants pour les caractères résistants vs sensibles chez des espèces de Myrtaceae locales connues pour leurs caractères patrimonial, économique, ou encore écologique. Parmi ces gènes candidats certains admettent des fonctions connues impliquées dans les mécanismes de résistance aux pathogènes.Les espèces exotiques envahissantes et les maladies infectieuses représentent un problème croissant au niveau mondial et constituent l'une des principales menaces pour la biodiversité. La Nouvelle- Calédonie, archipel situé dans le sud-ouest du Pacifique, est reconnue comme l'un des principaux points chauds de la biodiversité. Sa flore vasculaire native illustre cette singularité biologique remarquable, avec 3250 espèces dont plus de 74% sont endémiques. Dans ce contexte, la gestion et la préservation de cette biodiversité est une question prioritaire.
 

Composition du jury

 .Jonathan PLETT

Gaël LECELLIER

Michel DRON

Robin DUPONOIS

.Valérie BURTET-SARRAMEGNA      

Hamid AMIR

Laurent MAGGIA

. Fabian CARRICONDE

Rapporteur

Rapporteur

Examinateur

Examinateur

Examinateur

Examinateur

Directeur de thèse

Co-encadrant

 University of Western Sydney, Australie

Université de Versailles

Université de Paris Sud – Paris Saclay

IRD-LSTM, Montpellier

UNC, Nouméa

UNC, Nouméa

CIRAD/IAC

IAC

Contacts

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A l’occasion de cette soutenance de thèse, des chercheurs renommés membres du jury participeront à un séminaire scientifique autour des "nouvelles techniques de génomiques: applications, contraintes et perspectives »

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Photos : Copyright Julia Soewarto

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