Placé à côté du Conseil d’Administration, le comité d'évaluation scientifique évalue en fin de chaque programmation quinquennale la qualité du travail scientifique fourni. Il se prononce également sur le projet de nouvelle programmation scientifique, sur la pertinence de ses objectifs, des thématiques et des moyens proposés par l’établissement.
Sa composition renvoie expressément à la présence de personnalités scientifiques extérieures à l'IAC, reconnues de la communauté internationale et provenant de grandes centrales de recherche et d'universités nationales ou étrangères.
Sur les 20 dernières années, cinq évaluations scientifiques ont été réalisées.